Ferdinand II. und 
Isabella I. richten für die Königreiche 
Kastilien und Aragon ein Inquisitionsgericht ein, um (zwangs)bekehrte 
Juden (so genannte 
Conversos oder 
Marranen) und 
Mauren (
Moriscos) aufzuspüren und zu bestrafen, die zwar öffentlich zum Christentum konvertiert sind, aber verdächtigt werden, insgeheim ihre vorherige Religion weiter auszuüben wodurch sie per Definition Häretiker waren. Die 
Spanische Inquisition liegt beinahe vollständig in der Hand der Monarchen. Die römische Kurie hat auf ihren Verlauf nur einen sehr begrenzten Einfluss. Papst 
Sixtus IV., der die Einrichtung genehmigen muss, hat dieser gegenüber zunächst Vorbehalte. Als Spanien jedoch Neapel eingenommen hat, gibt er nach und beauftragt zwei Dominikaner als Inquisitoren, denen weitere folgen werden.